Rastlinstvo Myjavskej pahorkatiny a susediacich pohorí je oproti pôvodnému zloženiu výrazne pozmenené činnosťou človeka. Narušené sú najmä lesné porasty, z ktorých sa - až na malé výnimky - zachovali len roztrúsené skupiny stromov. Odlesnené plochy boli premenené na poľnohospodárske pozemky a využívajú sa na pestovanie poľnohospodárskych plodín či ovocných drevín. Z hľadiska poľnohospodárskych výrobných typov patrí územie Myjavskej pahorkatiny prevažne k subtypu zemiakársko-jačmennému a v západnej časti územia, v širšej nive rieky Myjavy, k repársko-pšeničnému. Menšiu plochu južne od mesta Myjavy možno zaradiť k subtypu repársko-jačmennému. Kedysi bolo celé toto územie lesnaté. V nivách riek a potokov boli rozšírené lužné lesy zložené z vŕb, topoľov a jelší. Ďalej od tokov sa nachádzali dreviny ako napríklad brest, hrab, dub či jaseň. V nižších polohách územia, mimo riečnych nív, boli pôvodne rozsiahlé dubové lesy s bohatým trávnato-bylinným porastom. Koncom 18. storočia a na začiatku 19. storočia bol už stav lesov taký žalostný, že obyvatelia boli nútení začať s výsadbou lesných drevín. Brehové porasty horného toku rieky Myjavy sú dnes tvorené vŕbou bielou, vŕbou krehkou, jelšou lepkavou a jaseňom štíhlym. Na dolnom toku sú to brest väzový, vŕba biela, topoľ biely, jelša lepkavá, jaseň štíhly, lipa veľkolistá, svíb krvavý, plamienok plotný a baza čierna. Vo vyšších polohách môžeme nájsť bukové porasty s prímesou smrekovca opadavého, javorov, bresta či brezy previsnutej. V severnej časti územia sa vo vyšších polohách vyskytujú aj porasty s nízkym zastúpením jedle bielej. Vo väčšej miere, než zodpovedá aktuálnemu lesnému typu, je zastúpený z umelej výsadby pochádzajúci smrek obyčajný, borovica lesná a smrekovec opadavý. Hojne sa v okolí vyskytuje tiež lieska obyčajná, hloh, vtáčí zob obyčajný, svíb krvavý a ďalšie. Celkovo je územie okresu Myjava zalesnené na 45 %. Z uvedeného množstva 80% lesných pozemkov sú v užívaní mestské lesy, 19% tvoria súkromné lesy a 1% štátne lesy. Zabezpečenie odborného a trvalo udržateľného hospodárenia v lesoch zabezpečujú lesné spoločnosti, urbariáty a obecné lesy. Lesy Myjavskej pahorkatiny patria medzi územia s prevažne lesnými ekosystémami, významnými pre zachovanie biologickej rozmanitosti a ekologickej stability. Ak hovoríme o rastlinstve a lesoch, treba spomenúť aj skutočnosť, že priamo v Myjave sa nachádza niekoľko chránených stromov:
Dub pri Moravskej ceste (Dub letný)
Latinský názov: Quercus robur L.
Rok vyhlásenia ochrany: 1992
Lokalita: Trenčiansky kraj, okres Myjava, obec Myjava. Strom nájdeme na ľavej strane štátnej cesty v smere Myjava – Vrbovce, na okraji mesta na parcele č. 3016 v k. ú. Myjava.
Parametre (približný vek, obvod kmeňa meraný vo výške 130 cm od zeme, výška): Výška dreviny je 18 až 20 m, obvod kmeňa má 550 cm, priemer koruny 23 m, vek 250 - 300 rokov.
Myjavská lipa (Lipa veľkolistá)
Latinský názov: Tilia platyphyllos Scop.
Rok vyhlásenia ochrany: 1992
Lokalita: Trenčiansky kraj, okres Myjava, obec Myjava. Strom nájdeme za budovou Mestského úradu Myjava v blízkosti katolíckeho kostola na parcele č. 2065/2 v k. ú. Myjava.
Parametre (približný vek, obvod kmeňa meraný vo výške 130 cm od zeme, výška): Výška dreviny je asi 28 m, obvod kmeňa má 576 cm, priemer koruny 20 m, vek 300 - 400 rokov.
Dôvodom osobitej ochrany stromu je jej mimoriadny historický, ekologický, kultúrny, krajinotvorný i estetický význam. História lipy sa viaže pravdepodobne k začiatku výstavby kostola, kde pôsobil kňaz Daniel Krman ml., ktorý výraznev prispel ku kultúrnemu rozvoju Myjavy.
Lipa pri múzeu I. SNR (Lipa malolistá)
Latinský názov: Tilia cordata
Rok vyhlásenia ochrany: -
Lokalita: Trenčiansky kraj, okres Myjava, obec Myjava. Strom nájdeme pri SNM - Múzeu Prvej SNR na Ul. Prvej SNR na parcele č. 1406 v k. ú. Myjava.)
Parametre (približný vek, obvod kmeňa meraný vo výške 130 cm od zeme, výška): Výška dreviny je asi 12 m, obvod kmeňa má 315 cm, priemer koruny 12 m, vek 163 rokov.
Chránená prírodná pamiatka predstavuje exemplár lipy malolistej, ktorej výsadba sa viaže k zasadnutiu I. SNR v Myjave k Kolényovskom dome v roku 1848. Ide o drevinu, ktorá sa svojím vekom, vzrastom a zdravotným stavom zaraďuje medzi najstaršie a najmohutnejšie jedince v meste Myjava a má veľký estetický, historicko-kultúrny a zdravotný význam.
Lipa U Belanských (Lipa veľkolistá)
Latinský názov: Tilia platyphyllos Scop.
Rok vyhlásenia ochrany: 1990
Lokalita: Trenčiansky kraj, okres Myjava, obec Myjava, časť Turá Lúka - U Belanských na hranici parciel č. 11953 a 11958 v k. ú. Turá Lúka.
Parametre (približný vek, obvod kmeňa meraný vo výške 130 cm od zeme, výška): Výška dreviny je asi 16 m, obvod kmeňa má 1015 cm, priemer koruny 11 m, vek 608 rokov.
Drevina bola v roku 1990 vyhlásená za chránenú prírodnú pamiatku. V roku 2002 bol pre tento pozoruhodný prírodný výtvor spracovaný aj program záchrany. Svojím vekom patrí k jednoznačne najstarším drevinám Slovenska. V okrese Myjava je najstarším zaznamenaným chráneným stromom. Jedná sa o pozoruhodný a vzácny strom, ktorý je unikátny nielen svojím vekom a formou, ale aj rozmermi. Má mimoriadny kultúrny, vedecký a krajinotvorný i estetický význam. Dôležité je zachovanie stromu aj pre ďalšie generácie. Jednou zo zaujímavostí stromu sú spomienky pamätníkov II. svetovej vojny, ktorí rozprávajú o tom ako sa v dutine stromu skrývali partizáni. Z tohto dôvodu mesto Myjava nominovalo v roku 2009 drevinu do ankety Strom roka 2009, ktorú vyhlásila nadácia Ekopolis. Lipa u Belanských obsadila 3. miesto a získala od nadácie sumu 333,- € na ošetrenie a úpravu okolia. Zaujímavosťou je, že ju od druhého miesta delili len tri hlasy a od prvého päť hlasov. V marci 2010 mesto Myjava ošetrilo chránený strom. Celková suma vynaložená na ošetrenie chráneného stromu bola 1052,- €.